TSK BİOEM K.lığının vazifesi; NATO ve TSK genel prensipleri ile öncelikleri çerçevesinde, NATO ve ortaklık ülkeleri personelinin müşterek çalışabilirlik hedeflerine ulaşmalarına katkı sağlamak ve askeri işbirliğini geliştirmek maksadıyla eğitim ve öğretim icra etmektir.
Ortaklık eğitimi konusunda NATO'da, çok uluslu harekât konusunda Türkiye'de öncü eğitim-öğretim kurumlarından birisi olmaktır.